余祥

長聘教軌副教授

  • 電話:021-34205134
  • 郵箱:yuxiang2021@sjtu.edu.cn
  • 地址🤷🏼:EON体育4閔行校區EON体育4平台4A-301
  • 博士生導師,課題組組長。課題組研究方向包括植物RNA生物學和計算生物學。目前已在Nature Communications、Developmental Cell、 Plant Cell和Genome Research等期刊發表著作50余篇。

學術經歷

  • 2014年8月-2021年1月:  賓夕法尼亞大學生物系,分子生物學和生物信息學,博士後
  • 2008年9月-2014年7月: 中國科EON4植物生理生態研究所,遺傳學🥬,理學博士
  • 2004年9月-2008年6月: 華南農業大學園藝EON4🦻🏼,生物技術,農學學士

研究方向

4. 組學數據分析: 開發程序對多組學數據進行整合分析

4. 組學數據分析: 開發程序對多組學數據進行整合分析。

組學技術研發: 結合分子生物學和高通量測序技術研發新的...

組學技術研發: 結合分子生物學和高通量測序技術研發新的組學方法。

植物逆境生物學: 研究RNA轉錄後調控如何參與植物應對非生...

植物逆境生物學: 研究RNA轉錄後調控如何參與植物應對非生物脅迫👎🏿。

RNA生物學: 研究RNA轉錄和轉錄後調控的分子機製

RNA生物學: 研究RNA轉錄和轉錄後調控的分子機製🚭。

代表論著

  • •  

    Wu, Y., Shao, W., Yan, M., Wang, Y., Li, X., Gregory, B.D.,  Yang, J.*, Wang, H.* and  Yu X.* (2024). Transfer learning enables identification of multiple types of RNA modifications using nanopore direct RNA sequencing. Nature Communications 15, 4049 (2024).

    •  

    Yu, X., Willmann, M.R., Vandivier, L.E., Trefely, S., Kramer, M.C., Shapiro, J., Guo, R., Lyons, E., Snyder, N.W., and Gregory, B.D*. (2021). Messenger RNA 5′ NAD+ Capping Is a Dynamic Regulatory Epitranscriptome Mark That Is Required for Proper Response to Abscisic Acid in Arabidopsis. Developmental Cell 56, 125-140.

    •  

    Yu, X.#, Willmann, M.R.#, Anderson, S.J., and Gregory, B.D. * (2016). Genome-Wide Mapping of Uncapped and Cleaved Transcripts Reveals a Role for the Nuclear mRNA Cap-Binding Complex in Cotranslational RNA Decay in Arabidopsis. Plant Cell 28, 2385–2397

    •  

    Yu, X. #, Davenport, J.W. #, Urtishak, K.A., Carillo, M.L., Gosai, S.J., Kolaris, C.P., Byl, J.A.W., Rappaport, E.F., Osheroff, N., Gregory, B.D.*, Felix, A.C.* (2017). Genome-wide TOP2A DNA cleavage is biased toward translocated and highly transcribed loci. Genome Research 27, 1238–1249.

    •  

    Zhang, Y.#, Xu, P.#, Xue, W.#, Zhu, W.*, Yu, X.* (2023). Diurnal gene oscillations modulated by RNA metabolism in tomato. The Plant Journal. tpj.16400. 

  • •  

    Xu, P.#, Zhang, W.#, Wang, X., Zhu, Y., Liang, W., He, Y.*, Yu, X.* (2023). Multiomics analysis reveals a link between Brassica‐specific miR1885 and rapeseed tolerance to low temperature. Plant Cell & Environment. pce.14690. 

    •  

    Yu, X., Wang, H., Lu, Y., de Ruiter, M., Cariaso, M., Prins, M., van Tunen, A., and He, Y. * (2012). Identification of conserved and novel microRNAs that are responsive to heat stress in Brassica rapa. Journal of Experimental Botany 63, 1025–1038.

    •  

    Yu, X. #, Sharma, B. #, and Gregory, B.D.* (2020). The impact of epitranscriptomic marks on post-transcriptional regulation in plants. Briefings in Functional Genomics elaa021.

    •  

    Li, X., Wang, H., Yu, X., Saha, G., Kalafati, L., Ioannidis, C., Mitroulis, I., Netea, M., Chavakis, T. & Hajishengallis, G. (2022). Maladaptive innate immune training of myelopoiesis links inflammatory comorbidities. Cell185, 1709-1727.

    •  

    Xiao, J., Jin, R., Yu, X., Shen, M., Wagner, J.D., Pai, A., Song, C., Zhuang, M., Klasfeld, S., He, C., et al. (2017). Cis and trans determinants of epigenetic silencing by Polycomb repressive complex 2 in Arabidopsis. Nature Genetics 49, 1546–1552.

教學情況

  • Python語言程序設計(本科生課程⌨️,BIO2551,主講)🪚,2023秋季,2024秋季
  • 科技英語寫作與交流(研究生課程,GE7001,主講),2024春季
  • 植物生物學 (研究生課程,BIO8203,參講)🪭,2022秋季,2023秋季
  • 植物生物學 (研究生課程🙍🏽‍♂️,BIO8203🧑‍🧑‍🧒,主講),2024秋季

  • 表觀遺傳學 (研究生課程☂️,參講)⬜️,2024秋季

  • 國家自然科學基金面上項目: DXO1調控mRNA前體加工和植物高溫適應的分子機理 (2024.1-2027.12),主持。
  • 國家自然科學基金面上項目: RNA NAD+帽子修飾調控小RNA加工及植物耐熱的分子機製 (2022.1-2025.12),主持。
  • 上海浦江人才項目: 植物逆境表觀轉錄組研究 (2021.10-2023.9),主持。

承擔項目

學生培養

  • 在讀學生
  • 畢業學生
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