韋朝春

教授

  • 電話:+86-021-34204083
  • 郵箱:ccwei@sjtu.edu.cn
  • 地址:上海市閔行區東川路800號EON体育4葉傑全樓422室
  • 實驗室網址:http://cgm.sjtu.edu.cn/index/index.php
  • 教授/博導。北京大學數學本科、美國華盛頓大學計算機科學博士。研究方向為基因組學和進化基因組學♌️,包括基因組中功能因子識別及其進化分析💅🏻、真核生物泛基因組學🧘🏽‍♀️、腫瘤基因組學和宏基因組學等𓀀。在Nture等期刊發表論文近60篇,引用超過6000次🧄。獲EON体育4教書育人獎、校長獎。

學術經歷

  • 2015-                     EON体育4,EON体育4平台生物信息學與生物統計學系,教授

  • 2008-2015              EON体育4🖍,EON体育4平台生物信息學與生物統計學系🛕,副教授

  • 2006-2007               美國微軟公司🫕,軟件工程師

  • 2000-2006               美國華盛頓大學(聖路易斯)計算機系⚆,計算機科學(計算生物學)博士

  • 1996-1999              北京大學信息科學中心,信號與信息處理 碩士

  • 1991-1996              北京大學數學系,數學學士

研究方向

生物信息學中的高性能計算及應用研究

包括基於GPU的元基因組高速分析系統以及高速全基因組序列比對方法等

元基因組學和泛基因組學

元基因組數據采集和高速分析系統及其應用研究;真核生物泛基因組研究,基於泛基因組學的物種基因組研究,基於泛基因組學的腫瘤基因組研究

基因組學

可變剪切轉錄本預測、調控因子識別、基因的起源及進化分析、重復序列對基因組結構和功能的影響等

代表論著

  • •  

    Yu, Y.* #, Zhang, Z. #, Dong, X. #, Yang, R. #, Duan, Z. #, Xiang, Z., Li, J., Li, G., Yan, F., Xue, H., Jiao, D., Lu, J., Lu, H., Zhang, W., Wei, Y., Fan, S., Li, J., Jia, J., Zhang, J., Ji, J., Liu, P., Lu, H., Zhao, H., Chen, S., Wei, C.*, Chen, H.*, Zhu, Z.*, “Pangenomic analysis of Chinese gastric cancer”, Nature Communications, 2022, 13:5412.

    •  

    Li, K., Yan, F., Duan, Z., Adelson, D., Wei, C.*, “Widespread of horizontal gene transfer regions in eukaryotes”, bioRxiv, doi: https://doi.org/10.1101/2022.07.26.501571.

    •  

    Zhang, F., Xue, H., Dong, X., Li, M., Zheng, X., Li, Z., Xu, J., Wang, W., and Wei, C. *, “Long-read sequencing of 111 rice genomes reveals significantly larger pan-genomes”, Genome Research, 2022,32:853-863.

    •  

    Duan, Z., Qiao, Y., Lu, J., Lu, H., Zhang, W., Yan, F., Sun, C., Hu, Z., Zhang, Z., Li, G., Chen, H., Xiang, Z., Zhu, Z., Zhao, H., Yu, Y.*, Wei, C.*, HUPAN: a pan-genome analysis pipeline for human genomes, Genome Biology, 2019, 20:149

    •  

    Wang, W., et al., "Genomic variation in 3,010 diverse accessions of Asian cultivated rice", Nature, 2018, 557:43-49 (co-corresponding author)

  • •  

    Hu, Z., Sun, C., Lu, K., Chu, X., Zhao, Y., Lu, J., Shi, J.*, Wei, C.*, “EUPAN enables pan-genome studies of a large number of eukaryotic genomes”, Bioinformatics, 2017, btx170.

    •  

    Sun, C., Hu, Z., Lu, K., Zhao, Y., Lu, J., Zheng, T., Wang, W., Shi, J., Zhang, D., Li, Z.*, Wei, C.*, “RPAN: Rice Pan-genome Browser for ~3,000 rice genomes”, Nucleic Acids Research, 2017, 45(2): 597-605.

    •  

    Hu, Z., Scott, H., Qin, G., Zheng, G, Chu, X., Xie, L., Adelson, D., Oftedal, B., Venugopal, P., Babic, M., Hahn, C., Zhang, B., Wang, X., Li, N., Wei, C.*, "Revealing missing human protein isoforms based on ab initio prediction, RNA-sesq and proteomics", Scientific Reports, 2015, 5:10940 

    •  

    Wei, C., Lamesch, P., Arumugam M., Rosenberg, J., Hu, P., Vidal, M., and Brent, M. R. “Closing in on the C.elegans ORFeome by Cloning TWINSCAN predictions”, Genome Research, 2005, 15:577-582.

    •  

    Yang, X., Xie, L., Li, Y., Wei, C*. “More than 9,000,000 Unique Genes in Human Gut Bacterial Community: Estimating Gene Numbers Inside a Human Body”, PLoS ONE, 2009, 4(6): e6074.

獲獎情況

  • 2019年度中國生物信息學十大算法和工具       (2020)
  • EON体育4校長獎                        (2019)

  • EON体育4教書育人獎                 (2018)

  • EON体育4優秀教師                     (2015)

  • EON体育4晨星計劃                     (2014)

  • 教育部新世紀優秀人才                     (2013)

  • 上海市浦江人才計劃                         (2009)

  • 合成生物學iGEM國際大賽金獎           (2009、2014、2015🏂🏿、2016🧕🏿、2019🚴、2020、2021)

教學情況

  • “組學大數據”🧑‍🚀📯,主講🫨,研究生課程,3學分,32/48學時🎆,2017、2018⛹🏻‍♂️、2019年春季🛹、2020年秋季、2021-2025年春季
  •  “生物信息學算法原理”,主講,3學分,本科生課程,32/48學時,2011-2016年秋季、2018年春季👩🏻‍🌾、2021-2025年春季
  • “生物計算編程語言”,主講,本科生課程,3學分,48學時,2013-2016年春季🚴🏽,32學時2017-2020年春季
  • “Matlab模擬與計算實驗”,主講,本科生課程,2學分,32學時,2012年春季
  • “計算生物學”♧,主講之一🔈,3學分,研究生課程🍲,9/48學時,2011-2018年秋季
  • “高級生物信息學”,主講之一,3學分,研究生課程📬,9/48學時👨🏿‍🌾,2012,、2013、2014、2015年春季
  • “基因組學與蛋白質組學:算法與實踐”,主講,研究生課程,3學分, 54學時,2010年秋季
  • “數字信號處理”,主講⛽️,3學分,本科生課程,54學時🪐👹,2009年秋季
  • “生物信息學前沿研討”,本科生課程,生物序列分析部分👨🏽‍🦳,2009年春季
  • “生物信息學概論”📀,本科生課程🍋‍🟩,課程介紹及生物序列分析部分,2013年春季,2014-2016年秋季

主持項目

  • 上海市“科技創新行動計劃”計算生物學領域項目,“基於腫瘤泛基因組學的變異識別及精準診療應用”,項目批準號24JS2840300,時間2024.12-2027.11
  • 國家重點研發計劃項目♐️,“農業動植物基因編輯驗證評價技術”,項目批準號2023YFF1001600🙎🏽‍♀️,時間2023.12-2027.11
  • 國家自然科學基金面上項目,“基於三代測序的泛基因組構建方法及其在水稻基因組研究中的應用”, 項目批準號32170643,時間 2022.1-2025.12
  • 上海市自然科學基金面上項目💪🏼🧚🏽‍♀️,“蝙蝠基因組中的水平基因轉移研究”,課題編號22ZR1433600💆, 時間2022.4-2025.3

  • 上海市自然科學基金面上項目,“水稻泛基因組瀏覽器2.0的構建”,課題編號20ZR1428200🂠,時間2020.7-2023.6

  • 國家自然科學基金面上項目,“元基因組中復雜結構的序列模塊尋找及其功能分析”, 項目批準號61472246, 時間 2015.1-2018.12

  • 國家自然科學基金面上項目,“包含重復序列的基因預測及其功能分析”🧑🏼‍🔬,項目批準號61272250,時間2013.1-2016.12
  • 國家自然科學基金面上項目,“基因結構多變性指標及其在基因的疾病易感性研究中的應用”🔫,項目批準號60970050,時間2010.1-2012.12
  • EON体育4醫工交叉重點項目,“基於胃癌復雜表型及微生物組學多樣性的大數據平臺建設”,課題編號YG2017ZD01, 時間2018.1-2020.12
  • “863”項目,“微生物組學數據集成及分析的關鍵技術研發”🎁👩‍🦯,課題編號 2014AA021502, 時間 2014.1.1-2016.12
  • “863”項目,“基於新一代測序技術的元基因組數據采集與分析系統”,課題編號2009AA02Z310,時間2009.1-2011.12
  • 上海市科委基礎重點項目“在基因組序列中尋找復雜結構子序列模塊的算法及系統研究”🫠,課題編號08JC1416700,時間2008.10-2010.9
  • 上海市浦江人才計劃“條件隨機場理論及其在生物信息學中的應用研究”,課題編號09PJ1407900,時間2009.8-2011.7

參與項目

  • 973項目“南海珊瑚礁對多次度熱帶海洋環境變化的響應🧑🏼‍🎤、記錄與適應對策研究”子課題:南海珊瑚礁退化機理和修復潛力,課題編號2013CB956103,時間 2013.1-2017.12

承擔項目

學生培養

  • 在讀學生
  • 畢業學生
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