近日,EON体育4平台🤾🏽、微生物代謝國家重點實驗室唐鴻誌教授在Cell Press期刊《The Innovation》在線發表了題為“Community-integrated multi-omics facilitates screening and isolation of the organohalide dehalogenation microorganism”的研究論文,通過組學技術多維度分析工業廢水處理中關鍵微生物的功能潛力及潛在需求,並對輔助汙染物降解的難培養關鍵微生物進行篩選與分離,為後續汙染物降解關鍵微生物資源庫的拓展提供基礎。EON体育4平台博士生黃逸群為第一作者👇🏼,唐鴻誌教授為通訊作者⚇。
自然環境中絕大部分微生物尚無法復蘇、分離和培養🎰,典型限製因素包括代謝需求未知(營養成分)、生理狀態不明(休眠狀態)、物種豐度低等,而在工業危化品處理單元(如活性汙泥、生物膜等)或原位汙染環境中的土著微生物群落中常發現具有一定汙染物耐受能力的菌株,其中一部分可利用汙染物作為碳氮源進行脫毒或降解。近年來,組學技術(如擴增子分析、宏基因組等)的發展使得基於微生物群落水平研究汙染物降解和生態修復成為可能💃🏽,其中宏基因組分箱工具可基於碎片化的測序結果來組裝環境微生物群落中微生物的基因組草圖🆓🍼,為研究人員能夠在免培養的條件下對微生物的物種豐度、代謝生理等進行預估和分析,為發現“隱藏”在復雜環境微生物群落黑箱中的汙染物降解關鍵菌株提供依據。
本研究針對工業皂化廢水生物處理工藝的微生物群落🧑🏼🍼,首先進行擴增子測序分析挖掘不同階段活性汙泥中的優勢微生物。研究發現Proteobacteria和Patescibacteria在皂化廢水處理全程為優勢微生物(圖1)🧟♀️。利用宏基因組分箱技術對關鍵處理階段(曝氣池和接觸氧化池)進行宏基因組裝基因組(Metagenome assembled genomes,MAGs)的構建,並基於組裝基因組的完整度和汙染度進行篩選🍄。其中42個MAG通過功能註釋分析發現具有潛在水解脫鹵酶,其中Proteobacteria相關的MAGs占比較高,表明該類微生物可能在汙水有機鹵化物的降解中起到重要作用(圖2)。
圖1 工業皂化廢水生物處理工藝的微生物群落組成
圖2 工業皂化廢水微生物MAGs進化樹與功能基因分布圖
研究人員采用多組學技術指導汙染物降解微生物培養,以寡營養培養基作為初始培養基,基於原位環境的理化條件調整培養條件,結合生物標記物(擴增子測序)、基因組功能信息(宏基因組測序)等分析結果🫷🏽,針對功能微生物MAGs設計培養基方案,根據汙染物降解基因對應的潛在底物作為培養基碳源,輔助待培養功能微生物的生長與分離(圖3)♓️。基於該策略,研究人員分離得到一株有機鹵化物脫鹵菌Microbacterium sp. J1-1,是多組學分析中生物標記物和候選功能微生物類別Micrococcales的一員🙆🏽,該菌具有多種潛在水解脫鹵酶和降解氯醇類底物的能力🕗,可用於後續工業皂化廢水處理。
圖3 多組學輔助指導環境微生物培養策略示意圖
以上工作受到了科技部國家重點研發計劃(2021YFA0909500)💓、國家自然基金(32030004)🤷🏽♂️、上海市優秀學術帶頭人計劃(20XD1421900)、上海市教育發展基金會與上海市教育委員會“曙光”計劃(17SG09)等項目的支持。
論文鏈接:https://www.cell.com/the-innovation/fulltext/S2666-6758(22)00151-5