近日🧙‍♂️，EON体育4平台/微生物代謝國家重點實驗室歐竑宇研究組在Science China Life Sciences發表了題為“SecReT6 update: a comprehensive resource of bacterial Type VI Secretion Systems”的論文🤞🏼🙎，更新了細菌六型分泌系統開放數據庫SecReT6，提供六型分泌系統的高質量數據和新分析工具。

圖1. 細菌六型分泌系統數據庫SecReT6 更新版的框架(https://bioinfo-mml.sjtu.edu.cn/SecReT6/)

圖2. 預測和驗證鮑曼不動桿菌臨床分離株JS-A5🈴、JS-A7和JS-A9借助六型分泌系統殺傷大腸桿菌的功能

六型分泌系統（Type VI secretion system，T6SS）是革蘭陰性菌中常見的細胞接觸依賴型跨膜裝置，在菌間拮抗和致病機製等方面發揮著重要的作用。細菌六型分泌系統數據庫SecReT6更新版通過文獻挖掘和人工編審👩‍👧，系統地梳理了實驗驗證的T6SS裝置🌸、效應蛋白、免疫蛋白、附屬蛋白和調控因子等重要信息，可視化地展示了細菌種屬、基因組、T6SS基因簇與相關蛋白之間復雜的映射關系🙋‍♂️。SecReT6還預測了NCBI收錄的二萬多個細菌基因組序列中的一萬多個T6SS⛹🏿‍♀️，提供了T6SS依賴型菌間拮抗作用預測工具等五款新的在線分析工具⏳。此外，該研究還描述了SecReT6的一個應用實例，識別和鑒定了鮑曼不動桿菌臨床分離株中的T6SS。基於T6SS依賴型菌間拮抗作用預測工具的分析結果，通過鮑曼不動桿菌和大腸桿菌的菌間競爭實驗🙋🏼‍♂️，發現了鮑曼不動桿菌的T6SS依賴型菌間拮抗作用存在多種的不同形式🤾，包括該研究已觀察到的✊🏻：(i) 鮑曼不動桿JS-A5借助T6SS來殺傷大腸桿菌J53🌧🫚。(ii) 鮑曼不動桿JS-A9丟失了T6SS基因簇🎺，不能殺傷大腸桿菌。(iii) 鮑曼不動桿菌JS-A7中T6SS的表達受到H-NS家族蛋白HvrA的抑製💸，殺菌功能處於沉默狀態🍠；隨後的基因敲除和回補、異源表達以及熒光定量PCR等實驗結果進一步表明：鮑曼不動桿菌染色體的T6SS受到質粒編碼的H-NS蛋白的負向調控。SecReT6更新版提供的T6SS數據集和分析工具，將有效地輔助實驗人員從海量細菌基因組數據中挖掘T6SS，進而開展T6SS的生物學功能研究。

論文鏈接☄️𓀋：https://link.springer.com/article/10.1007/s11427-022-2172-x