近日，國際知名分子生物學刊物《Nucleic Acids Research》在線發表了EON体育4微生物代謝國家重點實驗室鄧子新研究團隊2010級博士生畢德璽為第一作者的論文“ICEberg: 基於web的細菌整合型接合元件資源”。這是繼去年7月和今年1月《Nucleic Acids Research》先後報道了 “mGenomeSubtractor: 基於並行計算的細菌基因組差減雜交模擬工具” 和“TADB: 細菌和古細菌II型毒素-抗毒素基因座位數據庫”後兩年內🧛🏿‍♂️，三度報道論文指導教師歐竑宇副教授的研究成果🏊🏻‍♀️，也是他自2006年6月融入鄧子新研究團隊後第4次在該雜誌上發表研究論文💆🏼。
       
       親緣細菌的染色體骨架通常相對保守🧍🏻‍♀️，但有些菌株通過擁有某些特異的可移動遺傳元件，如原噬菌體、插入序列、轉座子、整合子和基因組島等🧍🏻，維持或增強它們在強大選擇壓力下的競爭優勢和穩定遺傳。有些基因組島由整合型接合元件組成🔴，展示出位點特異整合、切出環化和接合等典型的自行轉移特性🚦。剛剛發表的這篇論文🅾️，通過生物信息學預測和文獻挖掘，系統地識別了上百個細菌中400多個整合型接合元件🎆，並比較分析了它們所編碼的DNA硫修飾限製系統、致病性、抗菌素抗性和重金屬降解等重要生物學性狀，建立了整合型接合元件資源ICEberg💆🏽。這樣就可以通過對親緣菌基因組序列的比對分析，識別不同菌株之間相似性與差異性，將基因型與其特有表型緊密聯系起來，深入研究其分子機理⛓👩🏻‍🍳。此前發表的mGenomeSubtractor工具則有效地實現了在幾分鐘內對幾十個細菌染色體序列中的保守骨架和特異片段進行快速識別👩🏿‍🍳；而TADB則進一步將上萬個廣泛存在於細菌可移動遺傳元件上的II型毒素-抗毒素基因座位進行比較分析，建立起了14個家族👩‍🦲，由此可利用TADB對該系統在細菌逆境應答及維持外源基因穩定性等重要過程中所扮演的角色進行深入探究。可見，這是在生物信息學和分子微生物學等多學科交叉所取得的系統性研究進展🎠，對從海量組學數據中快速高效地挖掘有用信息積累了比較分析的研究工具和網上資源，並展示了有效和廣泛的應用。
       
       三篇相關論文鏈接🙎🏿‍♀️：

       (1) Bi, et al. (2011) ICEberg: a web-based resource for integrative and conjugative elements found in Bacteria. Nucleic Acids Research, doi: 10.1093/nar/gkr846.
       http://nar.oxfordjournals.org/content/early/2011/10/18/nar.gkr846.full

       (2) Shao, et al. (2011) TADB: a web-based resource for Type 2 toxin-antitoxin loci in Bacteria and Archaea. Nucleic Acids Research, 39, D606-D611.
       http://nar.oxfordjournals.org/content/39/suppl_1/D606.abstract

       (3) Shao, et al. (2010) mGenomeSubtractor: a web-based tool for parallel in silico subtractive hybridization analysis of multiple bacterial genomes. Nucleic Acids Research, 38, W194-W200.
       http://nar.oxfordjournals.org/content/38/suppl_2/W194.abstract